জামায়াতে ইসলামির আমির শফিকুর রহমান দ্য ডেইলি স্টারকে বলেছেন, – তার দল ঐক্যবদ্ধ পাকিস্তানের পক্ষে ছিল, কিন্তু দলীয়ভাবে কোন অপরাধমূলক কর্মকাণ্ডের সাথে জড়িত হয়নি। ব্যক্তিগত অপরাধমূলক কাজের উদাহরণ জামায়াতে ইসলামীর জন্য সাংগঠনিক অপরাধ বোঝায় না। রাজাকার, আলবদর এবং আল শামসের মতো মিলিশিয়া সংগঠন গঠন ও নেতৃত্বে জামায়াতে ইসলামী এবং এর ছাত্র সংগঠন ছাত্র সংঘ জড়িত ছিল- এমন অভিযোগের জবাবে শফিকুর বলেন, ‘যদি পূর্ব পাকিস্তান জামায়াত-ই-ইসলামী একটি রেজুলেশনের মাধ্যমে এই ধরনের মিলিশিয়া গঠনের সিদ্ধান্ত নিয়ে থাকে এবং আওয়ামী লীগের কাছে যদি এমন একটি দলিল থাকে, তাহলে পুরো জাতি তা মেনে নেবে। আমিও তা মেনে নেব।’
জামায়াত আমির বলেন, তার দল যখন একটি ঐক্যবদ্ধ পাকিস্তানের পিছনে দাঁড়িয়েছিল, এটি কেবল জামায়াত নয়, অন্যান্য অনেক দলও তা করেছে। তিনি ব্যাখ্যা করেন, ‘…তৎকালীন সরকারের আহ্বানে যারা সাড়া দিয়েছিল, এটি তাদের ব্যক্তিগত ভূমিকা, দলের দায়িত্ব নয়’। গোলাম আযম রাজাকার সমাবেশসহ বেশ কয়েকটি অনুষ্ঠানে বক্তৃতা দিয়েছিলেন, তাদেরকে অখন্ড পাকিস্তানের জন্য সক্রিয়ভাবে জড়িত হওয়ার আহ্বান জানিয়েছিলেন, তহবিল সংগ্রহ করেছিলেন- এসব অভিযোগের জবাবে শফিকুর বলেন, যেহেতু তারা (তৎকালীন জামায়াতের নেতৃত্ব) একটি অখণ্ড পাকিস্তানের পক্ষে ছিল, তাই তারা দেশের শৃঙ্খলা ও শান্তির জন্য যা প্রয়োজন মনে করতেন তাই বলেছেন।
শফিকুরও একমত যে কেউ দোষী হলে শাস্তি পেতে হবে। ‘কেউ যদি নৃশংসতা করে থাকে, তা গোলাম আযম নিজে হলেও তাদের শাস্তি হওয়া উচিত, তাতে আমার কোনো সমস্যা নেই।’ জামায়াত আমির শফিকুর আন্তর্জাতিক অপরাধ ট্রাইব্যুনালের অধীনে জামায়াত নেতাদের বিরুদ্ধে যুদ্ধাপরাধের বিচারের সত্যতা নিয়ে প্রশ্ন তুলে বলেন যে, এটি ‘…একটি সম্পূর্ণ প্রহসনের বিচার।’ তিনি প্রশ্ন করেন, ‘যুদ্ধাপরাধীদের বিরুদ্ধে মুক্তিযুদ্ধের পরপরই ২৪ হাজার মামলা হয়েছে এবং অনেকে জেলে গেছে। যুদ্ধের ৪২ বছর পর যাদের বিরুদ্ধে অভিযোগ আনা হল, তাদের বিরুদ্ধে তখন অভিযোগ আনা হয়নি কেন? সে সময় কোনো থানায় কেন কোনো মামলা বা অভিযোগের সূচনা হয়নি?’